A filozófia, elsősorban a megismerés problémáit - bár azok tömören benne foglaltatnak az Értekezésben is - a legrészletesebben Elmélkedések a metafizikáról című munkájában tárgyalja. A mű hat elmélkedést tartalmaz: 1. Azokról a dolgokról, amelyeket kétellyel illethetünk. 2. Az emberi elme természetéről és arról, hogy könnyebben megismerhető, mint a test. 3. Isten létéről. 4. Az igazságról és a tévedésről. 5. Az anyagi dolgok lényegéről és újra Isten létéről. 6. Az anyagi testek létezéséről és az ember lelkének és testének különbségéről. - Az Elmélkedésekben Descartes nem készen tárja elénk az igazságot: a szerző mintegy együttes gondolkodásra invitálja olvasóját, s beszámol a kételyekkel és bizonytalanságokkal szegélyezett útról, amelyen járva eljuthatunk az igazsághoz.

Mi a garancia ugyanis arra, hogy a megtapasztalt jelenségek valóban azok, amiknek tapasztalatunk mutatja őket? E kérdés jogosságát a következő érvekkel lehet alátámasztani: (1) Vannak érzékcsalódásaink. Ha például egyik kezünket hideg, a másikat meleg vízben tartjuk egy ideig, majd mindkét kezünket langyos vízbe mártjuk, akkor ugyanazt a vizet az egyik kezünkkel melegnek, a másikkal hidegnek fogjuk érzékelni. Azt az érvet, amely érzéki észleleteink föltétlen megbízhatóságát az érzéki csalódásokra hivatkozva kérdőjelezi meg, illúzió-argumentumnak nevezzük. (2) Nincs olyan elvi kritérium, amelynek segítségével megnyugtató módon különbséget tudnánk tenni álmaink és ébren átélt élményeink között: ezen alapul az ún. álom-argumentum. (3) Mivel bizonyos ítéleteimben tévedek, nyilvánvaló, hogy Isten nem tévedhetetlennek teremtett. Így hát az is elképzelhető, hogy csak ő alkotta olyannak az elmémet, hogy például a 2 + 3 összegét 5-nek gondoljam, habár a valóságban ez az összeg nem is annyit tesz ki - ha pedig Istenről ilyen rosszakaratot nem kívánunk föltételezni, elképzelhető ilyesmi valamely hatalmas démon részéről: ezt a feltételezést nevezzük démon-argumentumnak. Az első két érv segítségével tapasztalataink hitelessége tehető kétségessé, a harmadik pedig egy elvileg lehetséges értelmi csalódásra utal. Ám Descartes nem azért illeti kétellyel az emberi ismereteket, hogy a világ megismerhetetlensége mellett érveljen, mint a szkeptikusok, hanem azt kutatja, létezik-e vajon olyan ismeret, amely már nem illethető kétellyel. A filozófusnak az a feladata, hogy a világra vonatkozó ismereteit - amelyeknek építményét a módszeres kételkedéssel lebontotta - a biztosnak talált ismeret evidenciája alapján, tehát most immár mint minden ismeret fundamentumára alapozva, újra fölépítse.

Descartes filozófiájában a szkeptikus kételkedés tehát csak módszerbeli eszköz („doute méthodique” = módszeres kétely) a megismerés tökéletesen biztos alapjainak fölkeresésére; a világ pedig az értelem elvei által olyannyira áthatott, hogy abban végülis otthonosan létezhetünk, jóllehet, mint Descartes írja, csakis gondolataink vannak egészen hatalmunkban. Mindenben kételkedhetünk, de önmagunkról, legalábbis magunkról mint gondolkodó szubsztanciáról, közvetlenül bizonyos ismereteink vannak. A lélek, a gondolkodó szubsztancia radikálisan különbözik a testi dolgoktól, mert a világban két szubsztancia van: a test és a lélek, s valamennyi test a kiterjedt szubsztancia, valamennyi lélek pedig a gondolkodó szubsztancia része. Az ilyen filozófiai felfogást (metafizikai) dualizmusnak nevezzük. A dualista felfogásnak két alapproblémája van: ha a test és a lélek olyannyira különböznek egymástól, hogy sem nem hatnak egymásra, sem nem szenvednek el hatásokat egymástól, akkor egyrészt hogyan mehet végbe a megismerés, másrészt hogyan magyarázható az ún. affektusok (a lélek érzelmi-indulati rezdülései) és a testi jelenségek együttes illetve párhuzamos jelentkezése.

Ám Descartes tulajdonképpen azt is megmutatja, hogy az anyagi-testi világ végülis nem idegen a gondolkodó szubsztancia számára. Az anyag lényege a kiterjedtség: a fizikai viszonyok Descartes szerint végső elemzésben geometriai viszonyokra vezethetők vissza. A matematikus és fizikus Descartes az anyagi világ minőségi sokféleségét egyetlen minőségre, a kiterjedésre gondolja visszavezethetni, a fizikai viszonyokat geometriai viszonyokban oldja föl, s ezzel a matematikai világmegértés és végül egy „matematikailag megalapozott morál” elől minden akadályt eltávolít. Az anyagot a matematikai gondolkodás korlátlanul átjárhatja: az anyag, a res extensa (kiterjedt dolog) így nem lesz idegen végül a léleknek, a gondolkodó szubsztanciának, a res cogitansnak (gondolkodó dolog). Ezért, mint Descartes írja, „elég a lehető leghelyesebben gondolkodni, hogy a lehető leghelyesebben cselekedjünk”. Az anyag matematizálásával Descartes a manufakturális korszak gondolkodásának alapelveit ismeretelméleti és metafizikai elvekké teszi. Ahogyan a manufakturális munkamegosztás a legkülönfélébb munkafolyamatokat egyszerű műveletek sorozatává bontja föl, úgy bontja föl Descartes vizsgálódásainak „minden nehezebb kérdését annyi részre [...], ahányra csak lehet és a legjobb megoldás szempontjából szükség van”. Ahogyan a manufaktúrában az egyszerű műveletek pusztán mennyiségileg, az elvégzésükhöz szükséges idővel jellemezhetők, vagy ahogyan a különböző használati értékű termékek a piacon egyetlen, mennyiségileg jellemezhető szubsztancia, a pénzben megjelenő csereérték megnyilvánulásaivá lesznek, úgy válnak az anyagi dolgok egyetlen dimenzió, a kiterjedtség mennyiségileg megragadható formáivá. A társadalmi érintkezés matematizálódása általában a matematizáló gondolkodást természetesnek, a matematikai igazságokat kétségbevonhatatlanul bizonyosnak tünteti föl. A matematikai igazságok, mint Descartes mondja, „tisztán és határozottan” (clare et distincte) beláthatók, és amit tisztán és határozottan belátunk, azt nem illetheti kétely. Hiszen ítélőképességünket Istentől kaptuk, és Isten nem akarhatja, hogy e képesség még helyesen alkalmazva is minduntalan tévedésekhez vezessen. Hogy azonban Isten létezik, ez Descartes számára nem magától értődik; s az istenbizonyíték kiindulópontjául nála nem a külső természet valamiféle harmóniája szolgál (mint Aquinói Tamásnál), hanem - mint annakidején Ágostonnál és Anselmusnál - Isten eszméje, ideája. Pusztán azáltal, írja Descartes, hogy én létezem, és hogy magamban egy „legtökéletesebb lény”, azaz Isten ideáját hordozom, világos, hogy Istennek léteznie kell - ugyanakkor az én megléte maga is bizonyításra szorul.

Ami az utóbbit illeti, ez a bizonyítás Descartes filozófiájának talán leghíresebb eleme. A kortársak közül is már többen bírálták logikai fogyatékosságait, de az érdekes valójában nem is maga a bizonyítás, mint inkább annak előfeltevései. Eszerint, írja Descartes: „Elhatároztam, hogy felteszem: mindazok a dolgok, amelyek valaha is bejutottak elmémbe, nem igazabbak, mint álmaim csaló képei. De csakhamar láttam, hogy mialatt így mindent hamisnak akartam felfogni, szükségképpen kell, hogy én, aki ezt gondolom, legyek valami. S mivel észrevettem, hogy ez az igazság: gondolkodom, tehát vagyok ['cogito, ergo sum'], olyan szilárd és olyan biztos, hogy a szkeptikusok legtúlzóbb feltevései sem képesek azt megingatni, azért úgy gondoltam, hogy aggály nélkül elfogadhatom a filozófia amaz első elvének, amelyet kerestem.” A társadalomtól, melynek életét éli, melynek nyelvét beszéli, melynek gondolatait gondolja, az egyén az újkori individualizmus viszonyai között olyannyira elidegenedett, hogy a külvilág létezése, így a többi ember létezése is filozófiai problémává lesz; és az egyén oly magányosnak érzi magát, hogy még önmaga létezésében is kételkednie kell: csupán mint gondolkodó lény lehet bizonyos önmagában.

Az érvvel Descartes tulajdonképpen visszanyúl Ágostonnak egy hasonló, bár nem ennyire radikális gondolatához, hogy ti. a kételkedés aktusa már egy kételkedő (azaz: gondolkodó) tudat létezésére utal. Az a bizonyosság, amely tehát már nem illethető további kétellyel, az öntudat evidenciája. Mivel Descartes, Ágostonhoz hasonlóan, valamennyi mentális aktus gyűjtőneveként a „gondolkodás” kifejezést alkalmazza, azt a fölismerést, hogy a kételkedés mentális aktusa a kételkedő tudat létére utal, általános formában a föntebb említett „Gondolkodom, tehát vagyok” tételben fogalmazza meg. E tétel voltaképpen úgy értelmezendő, hogy „Gondolkodom, tehát gondolkodó lényként létezem”. Vagyis a testem létezésére ebből nem következtethetek, csupán öntudatom létezésére. Kérdés mármost, miként lehet az öntudat evidenciájának tételét a külvilágra vonatkozó ismereteink alapjává tenni. Descartes erre a kérdésre lényegileg úgy válaszol, hogy mindaz, amit ugyanolyan „tisztán és határozottan” ismerek meg, mint öntudatom tényét, igaznak tekinthető.

Tiszta és határozott ideákat azonban a szemléletből egyáltalán nem nyerhetünk: legfontosabb és biztos ideáink Descartes szerint velünkszületettek („idea innata” = velünkszületett eszme; innen az ilyen felfogás neve: innátizmus). Szűkebb ismeretfilozófiai értelemben éppen ez, az alapvető ideák velünkszületettségének tana jelenti a descartes-i racionalizmust. A szubjektum a világgal nincsen közvetlen, érzéki kapcsolatban: a világot gondolatilag ragadja meg, úgy, hogy annak meglétére és mivoltára az önnönmagában észlelt ideák illetve felszínes érzéki benyomások alapján következtet. Amikor például egy darab viaszt tekintünk, könnyen azt hihetnénk, mondja Descartes, hogy pillantásunk magát a viaszt veszi észre. A köznyelv, a mindennapi szóhasználat vezet itt félre bennünket: „Tudniillik azt mondjuk: magát a viaszt látjuk, ha ott van, nem pedig: a szín és az alak alapján úgy ítélünk, hogy ott van. És ebből legszívesebben mindjárt arra következtetnénk, hogy tehát a viaszt a szem pillantása és nem egyedül az értelem belátása által ismerjük meg. De ekkor véletlenül” - és Descartes fejtegetése itt árulkodóan érdekes fordulatot vesz - „ablakomon át embereket látok az utcán menni, akikről ugyancsak, pontosan mint a viaszról, azt szoktam mondani: látom őket, holott semmit sem látok, csak kalapokat és ruhákat, melyek alatt gépek is rejtőzhetnének.” Embertársaim persze nem gépek: ám ez nem közvetlenül nyilvánvaló, ehhez a fölismeréshez is csak Isten-vezette gondokodásom segít hozzá. Ha az emberben nem lakna lélek, éppoly gép lenne, mint az állatok: „Ezek a működések (lélegzés, táplálkozás, érzékelés stb.) ebben a gépezetben (szervezetben) csupán a szervrendszernek természetes következményei, egészen úgy, mint az órának vagy bármely más kerékrendszernek a mozgása”. Az ember természetének antropológiai és a mások szellemének tudatfilozófiai problémáját, az újkori filozófia e két alapvető kérdését Descartes úgy oldja meg, hogy mind az ember és a gép, mind az ember és az állat különbségének vizsgálatakor a nyelvi képességre hivatkozik. Az antropológiai és a tudatfilozófiai probléma összefügg egymással, hiszen arra a kérdésre, hogy miben különbözik tőlünk egy testi szerveiben hozzánk hasonló automata, az a válasz, hogy a gépnek nincs tudata, ami viszont felveti azt a további kérdést, hogy ezt milyen alapon dönthetjük el, vagyis milyen alapon vitatjuk el egy hozzánk hasonlóan megépített és hozzánk hasonlóan viselkedő géptől a tudatot. Általánosítva: milyen kritériumok segítségével igazolhatjuk azokat az állításokat, amelyek mentális állapotokat tulajdonítanak másoknak (vagy amelyek a mentális állapotokat elvitatják másoktól)? A gépekre vonatkozóan Descartes ezt mondja: „Ha volnának olyan gépek, amelyek a mi testünkhöz hasonlítanának és a mi cselekedetinket utánoznák, amennyire erkölcsileg csak lehetséges, akkor mégis volna két biztos eszközünk annak megállapítására hogy azért mégsem igazi emberek. Az első az, hogy ezek a gépek sohasem tudnának szavakat vagy más jeleket használni és úgy összekapcsolni, mint mi tesszük, ti. hogy gondolatainkat közöljük másokkal. [...] A második az, hogy habár néhány dolgot éppolyan jól vagy talán még jobban csinálnának, mint akármelyikünk, de okvetlenül csődöt mondanának másokban, ebből pedig megtudnánk, hogy nem tudatosan cselekszenek, hanem szerveik elrendezésénél fogva.” Tehát az első kritérium nyelvi (bizonyos fajta nyelvhasználat megléte), a második pedig viselkedési (a cselekvési módok bizonyos értelemben vett egyetemessége). Descartes e két kritériumra hivatkozik akkor is, amikor az állatok és az emberek különbségét taglalja, leszögezve, hogy az állatoknak ugyanúgy nem tulajdoníthatók mentális állapotok, mint a gépeknek. „Mert nagyon figyelemreméltó, hogy nincs az a tompaeszű és ostoba ember, [...] aki ne tudna különböző szavakat úgy összeilleszteni, és belőlük oly beszédet szerkeszteni, hogy ezzel gondolatait meg tudja értetni másokkal.” Ellenben az állatok, még ha vannak is hangképző szerveik: „De mégsem tudnak hozzánk hasonlóan beszélni, azaz nem tudják tanúságát adni annak, hogy gondolják is azt, amit mondanak. [...] Ez pedig nem azt bizonyítja csupán, hogy az állatoknak kevesebb eszük van, mint az embereknek, hanem azt, hogy egyáltalán nincs eszük.” A nyelvi képesség ugyanis abban áll, hogy a szavakat különféleképpen vagyunk képesek kombinálni, vagyis Descartes szavaival: „elrendezni”, „összekapcsolni”, „összeilleszteni”, „szerkeszteni”. Az embernek az a megkülönböztető jegye, hogy szókapcsolatokat (mondatokat) alkot. Az új mondatok alkotásának képessége magában rejti, hogy egy nyelv mondatai potenciálisan végtelenek: elvileg végtelen számú mondatot vagyunk képesek megalkotni és megérteni.

Hobbes számára ugyanis elsősorban az a fontos, hogy túljussunk a természeti állapot hadiállapotán, s nem az, hogy ez milyen formában történik. A legrosszabb kormányzati forma is jobb ugyanis, mint a természeti állapot, „amikor csak annyi biztonságunk van, amennyit saját erőnk és találékonyságunk nyújt nekünk; [...] nincs helye a szorgalomnak, mert a gyümölcse bizonytalan, ezért aztán nincs se földművelés, se hajózás, se tengerentúlról behozott áru, se kényelmes épület, nincsenek nagy erőt igénylő tárgyak ide-oda szállításához szükséges eszközök, semmiféle ismeretetszerzés a Föld ábrázatára vonatkozóan, se időszámítás, se művészetek, se irodalom, se társadalmi érintkezés; s ami a legrosszabb: örökös félelem uralkodik, az erőszakos halál veszélye fenyeget, s az emberi élet magányos, szegényes, csúnya, állatias és rövid”. Ha az emberek csak önző lények lennének, soha nem tudnának túljutni ezen az állapoton. Azonban értelmes, racionális lények is: racionalizmusuk sugallja számukra, hogy megkössék a társadalmi szerződést. Ennek keretében minden politikai jogukról lemondanak, s azokat egy „uralkodóra”: vagy egy személyre, vagy egy testületre, vagy pedig a testületként föllépő népre (monarchia, arisztokrácia, demokrácia); mai szóval egy szuverénre ruházzák át. A szuverén a szerződésben semmiféle kötelezettséget nem vállal magára, sőt egyesíti magában a törvényhozó, a végrehajtó és a bírói hatalmat, s hatalmát egy megfelelő erőszakszervezet révén érvényesíti. Mivel ő maga mondja meg, hogy mi a törvény, hogy mi jogos és mi jogtalan, mi igazságos és mi igazságtalan, így már fogalma szerint sem követhet el sem törvénytelenséget, sem jogtalanságot, sem igazságtalanságot. Igenis elkövethet azonban méltánytalanságot: olyasmit ami az általa hozott emberi törvénynek megfelel ugyan, nem felel meg azonban az isteni, természeti, erkölcsi törvénynek. A polgárok mégis jól teszik, ha engedelmeskednek neki (hiszen engedetlenségükkel vagy éppen lázadásukkal a természeti állapot káoszának visszatértét kockáztatnák), legalábbis mindaddig, amíg a szuverén általánosságban garantálja azokat a feltételeket, amelyek biztosítása céljából a hatalmat ráruházták. „Az alattvalók szabadsága tehát azokra a dolgokra korlátozódik, amelyek felől az uralkodó cselekedeteik szabályozásánál nem intézkedett. Ezek közé tartozik például az adásvétel vagy egyéb egymás közti megállapodás szabadsága, a lakhely, a táplálkozási mód, a foglalkozás, a gyerekek megfelelő neveltetése megválasztásának szabadsága, és más hasonlók. [...] Az uralkodó jogainak tehát csak az szab korlátot, hogy ő maga Istennek alattvalója, miért is köteles a természeti törvényeket megtartani.” Ha az uralkodó ezt nem akarja vagy nem tudja megtenni (például azért, mert egy idegen hódító legyőzi és elűzi), a polgárok fölmentve érezhetik magukat a megkötött szerződés alól: magánéletük szférája (későbbi műszóval: a „polgári társadalom” rendje) szent és sérthetetlen, s fontosabb, mint bármiféle politikai rendszer.